嘧菌酯的合成方法主要包括以下幾種：
4,6-二氯嘧啶和2(2羥基苯基)3,3二甲氧基丙酸甲酯偶聯反應。在鹼性條件下，使用催化劑，將4,6-二氯嘧啶和2(2羥基苯基)3,3二甲氧基丙酸甲酯反應，得到2[2(6氯嘧啶4基氧基)苯基]3,3二甲氧基丙酸甲酯，然後進一步處理得到嘧菌酯。
2羥基苯甲腈和4,6-二氯嘧啶反應。在鹼性條件下，使用催化劑，將2羥基苯甲腈和4,6-二氯嘧啶反應，得到2[2[6(2氰基苯氧基)嘧啶4基氧基]苯基]3,3二甲氧基丙酸甲酯，然後進一步處理得到嘧菌酯。
2羥基苯甲腈和鹼或2羥基苯甲腈的鹽反應。在鹼性條件下，使用催化劑，將2羥基苯甲腈和鹼或2羥基苯甲腈的鹽反應，得到2[2[6(2氰基苯氧基)嘧啶4基氧基]苯基]3,3二甲氧基丙酸甲酯，然後進一步處理得到嘧菌酯。
2羥基苯甲腈和2羥基苯甲腈的鹽反應。在鹼性條件下，使用催化劑，將2羥基苯甲腈和2羥基苯甲腈的鹽反應，得到2[2[6(2氰基苯氧基)嘧啶4基氧基]苯基]3,3二甲氧基丙酸甲酯，然後進一步處理得到嘧菌酯。
這些方法簡化了分離及後處理過程，適應大規模工業化生產。