「基地」組織最初成立是為了訓練與蘇聯軍隊作戰的阿富汗義勇軍，但在蘇聯軍隊撤退後，其目標轉變為推翻美國和伊斯蘭世界的「腐敗政權」。該組織在阿富汗境內擁有多處訓練基地，對來自不同國家的成員進行恐怖活動訓練，內容包括伊斯蘭原教旨主義教義、輕型武器使用、迫擊炮和火箭筒操作以及電腦和網際網路的使用。該組織的領導層通過傳真、行動電話、網際網路或信使遙控指揮其支持者。
「基地」組織與其他幾個恐怖組織有聯繫，包括位於黎巴嫩南部、埃及、利比亞、葉門、敘利亞、菲律賓、衣索比亞和車臣共和國的組織。然而，關於「基地」組織的很多信息可能來源於媒體報導、西方情治單位的猜測或道聽途說。英國《觀察家報》的記者雅松·伯克在「基地」組織內進行了長達四年的採訪，包括在美軍對托拉博拉展開大清剿的時候，他仍與「基地」組織在一起，因此他在掌握「基地」組織的第一手資料方面具有權威性。